El 22 de octubre de 1991, el entonces mandatario estatal, Lic. Manlio Fabio Beltrones Rivera, en su discurso de toma de posesión, anuncia que se impulsarán cambios en la normatividad de nuestra casa de estudios. Un mes después, el 26 de noviembre de 1991, la Oficialía Mayor del Gobierno del Estado publica, en el Boletín Oficial, la Ley Número 4, Orgánica de la Universidad de Sonora, aprobada por el H. Congreso del Estado el día anterior, previa consulta pública.

Los cambios permearon las funciones sustantivas y adjetivas; modificaron por completo la organización académica; modificaron órganos y el sentido de las líneas de autoridad; desagregaron funciones, crearon, modificaron o suprimieron dependencias, etc. La Universidad entró en un período de transición y reorganización interna y se empezaron las primeras acciones.

"La Universidad de Sonora es una institución autónoma de servicio público, con personalidad jurídica y capacidad para autogobernarse, elaborar sus propios estatutos, reglamentos y demás aspectos normativos, así como para adquirir y administrar sus bienes y recursos. Es una institución de educación superior y ejercerá la libertad de enseñanza, investigación y difusión de la cultura; aplicará sus recursos con sujeción a la normatividad relativa y, en general, cumplirá con las atribuciones que esta ley, el estatuto general y demás reglamentos le confieran".